一、哪些情形下不能撤回起诉
1.应避免将撤回起诉作为变更起诉或追加起诉的前置程序。《规则》第三百五十一条规定：在人民法院宣告判决前，人民检察院发现被告人的真实身份或者犯罪事实与起诉书中叙述的身份或者指控犯罪事实不符的，可以要求变更起诉;发现遗漏的同案犯罪嫌疑人或者罪行可以一并起诉和审理的，可以要求追加起诉;发现不存在犯罪事实、犯罪事实并非被告人所为或者不应当追究被告人刑事责任的，可以要求撤回起诉。从以上规定看出，变更起诉、追加起诉和撤回起诉是三个有着特定内涵、互不包容的诉讼程序，有各自不同的适用条件，不能混用或替代。撤回起诉实质是撤销公诉，撤回起诉后没有新的事实或证据，不得再提起公诉;而变更起诉或追加起诉是在对案件坚持公诉的前提下，对原指控内容即对被告人、犯罪事实或罪名进行追加或变更。
在司法实践中广泛存在着将撤回起诉作为案件变更起诉、追加起诉前置程序使用的现象，即先将案件撤回起诉，变更起诉书后，再重新提起公诉，笔者认为这种做法于法无据。《规则》第三百四十八条第二项规定：发现遗漏罪行或者遗漏同案犯罪嫌疑人，虽不需要补充侦查和补充提供证据，但需要提出追加或者变更起诉的，公诉人应当要求法庭延期审理。根据此规定，对需要变更起诉、追加起诉的，都应该申请延期审理，在延期审理期间完成变更起诉、追加起诉，不应当也无须将案件撤回起诉。检察机关变更起诉或追加起诉后，法院需要必要的时间就变更的内容审判，故应当允许法院重新计算审理期限。
2.对案件需要补充侦查的，不应将案件撤回起诉。对提起公诉后需补充侦查的案件，通常的做法是撤回起诉而不是申请延期审理。这种做法的原因很多，其中之一是有些案件比较复杂，需要补充侦查的时间较长。延期审理的期限最长为一个月，而撤回起诉由于没有具体法律规定，往往不受一个月限制，而且撤回起诉会使法院重新获得一个半月的审理期限，法院以及公诉机关更希望走撤回起诉程序而不是延期审理。但这样做毫无疑问会造成隐性超期羁押，损害被告人权益。
3.对被、监视居住的被告人逃跑，无法继续审判的，不应撤回起诉。对这种情形，应根据《解释》第一百八十一条的规定，由法院对案件裁定中止审理，而无须将案件撤回起诉。
二、撤回起诉的程序是什么
《解释》第一百七十七条规定：在宣告判决前，人民检察院要求撤回起诉的，人民法院应当审查撤回起诉的理由，并作出是否准许的裁定。根据此规定，检察机关撤回起诉的时间应限制在一审判决宣告前，而且应当以书面的形式向法院提出撤回起诉要求，法院在审查后应作出是否准许撤回起诉的书面裁定。但在司法实践中，由于法院不愿出现因无罪判决致检察机关抗诉，上级法院可能改判的风险，大部分撤诉案件是法院经过开庭审判认为案件可能判决无罪，书面建议检察机关撤回起诉。
首先，不符合《解释》第一百七十七条关于撤回起诉的规定。其次，法院以书面形式主动建议检察机关撤回起诉有侵犯检察机关公诉权之嫌，不符合法院中立、被动的诉讼地位。再有，法院没有作出是否准许撤回起诉的裁定，客观上剥夺了被告人的上诉权。一些确属无辜、没有实施犯罪的被告人，可能更希望通过上诉，要求法院继续审判，以获得最终的无罪判决来表明自身的清白。笔者认为，撤回起诉的程序应当是：检察机关认为自己提起公诉有错误时，为节省诉讼资源，维护当事人权益，体现检察机关公正形象，可以以书面形式主动提出撤回起诉要求。法院在审查后认为可以准许检察机关撤回起诉的，应作出准许撤回起诉的书面裁定。
